本院始建于1951年，前身系西南軍政委員會衛生部藥物食品檢驗所，是全國最早建立的五個省級藥檢所之一，是國家對食品藥品實施質量監督檢驗的法定機構，具有獨立的法律地位和第三方公正性，屬于社會公益型非盈利性質事業單位。2003年被確定為中華人民共和國重慶口岸藥品檢驗所，具備檢驗檢測機構資質認定（CMA）和中國合格評定國家認可委員會實驗室認可（CNAS）資質，檢驗檢測能力覆蓋食品、特殊食品、藥品、生物制品、化妝品、食品藥品包裝材料、潔凈環境與醫療器械等領域。本院先后被國家確定為國家藥監局麻醉精神藥品質量監測重點實驗室、國家市場監管重點實驗室（調味品監管技術）、生物制品進口口岸檢驗機構、血液制品批簽發機構、首次化學藥品進口口岸檢驗機構、食品復檢機構、化妝品復檢機構、特殊食品注冊和備案檢驗機構及化妝品注冊和備案檢驗機構，成立市級博士后科研工作站，獲批工信部食品企業質量安全檢測技術示范中心、重慶市化學藥品質量控制與評價協同創新中心以及重慶市調味品質量安全工程技術中心等科研平臺。擁有由國家藥典委員、國家級和省級藥品注冊及生產檢查員、食品和化妝品生產檢查員等59人組成的專家團隊。擁有氣質、液質、ICP-MS 、生物質譜和基因測序等儀器設備2900余臺套，原值約2.8億元。通過資質認定參數3000余項，實驗室認可參數1300余項。年檢檢品量可達80000批次以上。獨立承擔全球基金和世界衛生組織（WTO）國際藥典藥品標準研究項目，牽頭科技部食品安全社會共治重點研發計劃項目。近五年，共承擔省部級以上科研課題100余項。本院秉持“科學、公正、準確、高效”的方針，以完善的基礎設施、先進的儀器設備、科學的質量體系和卓越的技術能力，優質高效開展上級政府部門下達的指令性檢驗、政府部門的稽查檢驗與應急檢驗、公眾委托檢驗和科研合作項目，竭誠為行政監管、產業發展和公眾需求提供高質量的技術支撐、支持和服務。