真菌性腸炎(fungalenteritis)是機體學問真菌病的重要類型之一。消化道是真菌侵入體內的主要傳染途徑，對健康和生命都有較大的威脅。過去本病甚為少見，近年來由于廣譜抗生素、激素、免疫抑制劑、抗腫瘤藥、放射治療等廣泛的應用，腸道感染的疾病也日趨增多。腸道真菌感染的發生率為1.6%，病原包括念珠菌和曲菌。在我國引起腸炎的真菌主要有念珠菌、放線菌、毛霉菌、曲菌、隱珠菌等，其中以白色念珠菌腸炎最為多見。
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