1938年，原中央研究院天文研究所從南京遷到云南省昆明市東郊鳳凰山（現(xiàn)云南天文臺(tái)臺(tái)址）。抗戰(zhàn)勝利后，中央研究院天文研究所遷回南京，在鳳凰山留下一個(gè)工作站，該站隸屬關(guān)系幾經(jīng)變更，1972年經(jīng)國(guó)家計(jì)委批準(zhǔn)，正式成立中國(guó)科學(xué)院云南天文臺(tái)。2001年，經(jīng)中央機(jī)構(gòu)編制委員會(huì)批準(zhǔn)，將北京天文臺(tái)、云南天文臺(tái)等單位整合為國(guó)家天文臺(tái)。云南天文臺(tái)保留原級(jí)別，并具有法人資格。云南天文臺(tái)是國(guó)家首批博士學(xué)位、碩士學(xué)位授予點(diǎn)，設(shè)博士后流動(dòng)站。現(xiàn)有一臺(tái)兩站（臺(tái)本部、撫仙湖太陽觀測(cè)站和麗江天文觀測(cè)站）。設(shè)13個(gè)研究團(tuán)組：大樣本恒星演化研究團(tuán)組、恒星物理研究團(tuán)組、高能天體物理研究團(tuán)組、天體測(cè)量技術(shù)及應(yīng)用研究團(tuán)組、雙星與變星研究團(tuán)組、系外行星研究團(tuán)組、射電天文與VLBI研究團(tuán)組、太陽活動(dòng)和CME理論研究團(tuán)組、光纖陣列太陽光學(xué)望遠(yuǎn)鏡研究團(tuán)組、天文技術(shù)實(shí)驗(yàn)室、應(yīng)用天文研究組、選址與日冕觀測(cè)組、自由探索組。