中國科學院上海營養與健康研究所系于2016年底，基于上海生命科學研究院人口健康方向所屬的健康科學研究所、營養科學研究所、中科院-馬普學會計算生物學伙伴研究所、中科院-二軍大轉化醫學研究院、中科院上海生命科學信息中心、中科院上海實驗動物中心等“三所一院兩中心”整合組建而設立。2018年底經中科院正式發文批準，營養與健康所順利進入“率先行動計劃”特色研究所籌建序列。研究所立足上海、輻射長三角、服務全國，針對我國符合中國人群的營養健康標準缺失、慢病防控與健康促進的控制技術方法匱乏、生物醫學大數據資源流失分散等國家重大需求中的科技創新供給力問題，以任務牽引的生物信息技術（BIT）融合發展、健康保障關口前移為特色學科，以中國人群高發的腫瘤、代謝性疾病（包括糖尿病及肥胖）和心血管疾病等重大慢病為研究對象，按照慢病防控與健康促進、精準營養與食品安全、生物醫學大數據與健康智庫三大研究方向進行布局。