中心前身為鎮江市衛生防疫站，始建于1953年1月，現中心是于2001年12月在原市防疫站、血防所、皮防所和健康教育所基礎上組建起來的全民事業公益一類單位，承擔著全市疾病預防與控制、突發公共衛生事件應急處置、疫情及健康相關因素信息管理、健康危害因素監測與干預、實驗室檢測與評價、健康教育與健康促進、技術管理與應用研究指導等七大職能和市衛生行政部門賦予的全市衛生信息化建設、衛生公益服務平臺、健康鎮江項目、基本公共衛生服務項目等相關業務指導職能。中心占地面積0.37公頃，建筑面積1.48萬平方米，現有PⅡ級生物安全實驗室7個，萬元以上儀器設備347臺，10萬元以上儀器設備如二代測序儀、化學發光儀、微生物質譜儀、電感耦合等離子體發射光譜質譜儀、氣質聯用儀等85臺，中心獲得江蘇省計量認證、國家認可實驗室資質，擁有檢驗檢測能力400余項，是江蘇省職業病診斷和職業衛生服務資質機構、鎮江市艾滋病確證中心、衛生檢測中心，也是我市檢測項目最多、檢驗能力最強的國家認可實驗室。