上海生科院成立于1999年7月3日，由中國科學(xué)院原上海生物化學(xué)研究所、上海細(xì)胞生物學(xué)研究所、上海生理研究所、上海腦研究所、上海藥物研究所、上海植物生理研究所、上海昆蟲研究所和上海生物工程研究中心等8個(gè)生命科學(xué)研究機(jī)構(gòu)經(jīng)過結(jié)構(gòu)調(diào)整、體制創(chuàng)新組建而成，中國科學(xué)院國家基因研究中心、上海生命科學(xué)研究中心、上海實(shí)驗(yàn)動(dòng)物中心、上海文獻(xiàn)情報(bào)中心等也先后整建制并入。上海生科院共有生物化學(xué)與細(xì)胞生物學(xué)研究所、神經(jīng)科學(xué)研究所、上海藥物研究所、植物生理生態(tài)研究所、健康科學(xué)研究所、營養(yǎng)科學(xué)研究所、上海巴斯德研究所、計(jì)算生物學(xué)研究所、上海植物逆境生物學(xué)研究中心、中科院-二軍大轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究院等10個(gè)研究機(jī)構(gòu)（上海藥物研究所和上海巴斯德研究所為獨(dú)立法人研究單元），生命科學(xué)信息中心、上海實(shí)驗(yàn)動(dòng)物中心等2個(gè)支撐單元，中國科學(xué)院上海辰山植物科學(xué)研究中心、中國科學(xué)院上海臨床研究中心、上海工業(yè)生物技術(shù)研發(fā)中心、上海生物醫(yī)學(xué)工程研究中心、中國科學(xué)院湖州應(yīng)用技術(shù)研究和產(chǎn)業(yè)化中心等5個(gè)院地合作共建機(jī)構(gòu)。