上海針灸經絡研究所（簡稱針研所）成立于一九五八年，是上海中醫藥研究院和上海中醫藥大學下屬的研究機構，也是我國最大的針灸醫學研究機構之一。為了促進科研與臨床的緊密結合，2002年與岳陽醫院合并。

上海針灸經絡研究有一支在臨床、教學、科驗等方面能力較強的針灸專業技術隊伍，其主要任務是運用現代科學知識和方法，研究針灸治病的規律及其作用原理，以繼承和發揚我國傳統針灸醫學。擁有針灸免疫研究室（國家中醫藥管理局三級實驗室），針灸神經、泌尿研究室，針灸文獻研究室，及針灸中藥效應研究聯合實驗室，先后承擔國家自然科學基金課題20余項，市科委課題10余項，及其他部市級、局級課題50余項，獲各類科技成果獎50余項。

上海針灸經絡研究十多年來，針研所已培養針灸學博士30名，碩士50余名，在站博士后3名。同時，是中國針灸學會實驗分會掛靠單位，還承辦了《上海針灸雜志》、《針灸推拿醫學》（英文版）雜志。

上海市針灸經絡研究所設有"針灸科"、"推拿科"、"中醫內科"和"康復科"以及"特需門診"。是"上海市城鎮職工基本醫療保險定點醫療機構"、"中國上海國際針灸培訓中心臨床實習基地"。與上海中醫藥大學附屬岳陽中西醫結合醫院共同申報，并被批準為"上海市針灸推拿臨床醫學中心"建設單位。針研所對免疫、內分泌、神經、運動、心血管、消化、泌尿、生殖等系統疾病的針灸療效機制進行深入研究。對針刺治療某些免疫性、內分泌性疾病和各種疼痛性疾病有明顯效果。臨床上逐步形成以針灸為主結合中西藥、現代針灸儀器等綜合手段治療中風后遺癥、潰瘍性結腸炎、慢性排尿障礙（尿道綜合癥、尿失禁）、耳鳴、耳聾、帕金森氏病、震顫麻痹、腦萎縮、精神神經癥、頸腰椎病、肥胖癥等的業務特色。

上海市針灸經絡研究所經市衛生局批準"中醫針灸治療潰瘍性結腸炎專科"為上海市特色專科，另設有中風專科、尿道綜合癥專科（該項目為國家中醫藥管理局向全國推廣的項目）、頸椎病專科。