越秀區口腔醫院（原東山區口腔醫院）歷史最早追溯到1954年，是年8月，東山聯合牙科診所成立。1958年8月，全區聯合牙科診所實行大聯合（簡稱醫聯）。1964年1月，口腔專線實行統一管理，成立了東山區口腔疾病防治所，1985年12月，升格為東山區口腔病防治醫院，1999年6月更名為東山區口腔醫院。

根據原東山區醫療機構改革的精神，東山區口腔醫院于2000年2月23日由東華東路623號遷往白云路竹南大街14號。

越秀區口腔醫院相當二級口腔醫院規模，設醫院總部及下轄三個門診部。醫院總部新門診樓面積約800平方米，設有音響系統、閉路電視、對講系統、監控系統及數控系統等先進設備。

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