廣州中醫藥大學第三附屬醫院是一所建設目標為具有專科特色，集醫療、教學、科研為一體的現代化、綜合性中西醫結合醫院。三院始建于2001年，目前擁有廣州中醫藥大學附屬骨傷科醫院和芳村區中醫院兩所分院。2005年成立廣州中醫藥大學第三臨床醫學院，同年招收中醫學（骨傷科方向）本科生，第三附屬醫院和第三臨床醫學院實行院系合一的管理體制，是廣州中醫藥大學重要的醫療、教學、科研基地。

廣州中醫藥大學第三附屬醫院設有廣州中醫藥研究院骨傷科研究所、廣東省中醫骨質疏松病專病治療中心、國家藥物臨床試驗研究(GCP中心）、廣州中醫藥大學骨質疏松中心、廣州中醫藥大學股骨頭壞死防治中心等，是廣州中醫藥大學國家級重點學科和省級重點學科“中醫骨傷科學”的重要組成部分，是廣州中醫藥大學博士后流動站和博士、碩士研究生培養基地之一，現承擔多項國家及省市級科研課題。

廣州中醫藥大學第三附屬醫院現有職工400多人，政府授予的名中醫1人，高級職稱醫務人員24人。博士生導師3人，碩士生導師9人。醫院獲獎科研成果3項，申請專利2項，自主開發研制院內制劑20余項，其中1項（中藥新藥6類）已獲國家食品藥品監督管理局臨床研究批文，并成功轉讓。近五年來承擔有國家級課題2項、省部級課題15項、廳局級課題40項、校級課題10項。

廣州中醫藥大學第三附屬醫院還同海外著名醫療及科研中心――澳大利亞西澳大學開展廣泛合作與交流。醫院配備有各種先進醫療儀器設備，總值超過4000萬元，主要由螺旋CT、雙能X線骨密度儀（DEXA）、大型X光機、彩色多普勒B超機、酶標儀、全自動生化分析儀、PCR、動態心電圖、心電監護儀等。中心實驗室擁有的先進儀器能開展細胞學、組織免疫、組織化學、分子生物學、基因水平等檢測。

廣州中醫藥大學第三附屬醫院目前正加緊進行第三附屬醫院總院建設，總院地處荔灣區（原芳村區）龍溪大道，占地93畝，主體建筑面積近10萬平方米，設計總床位800張，按具有專照三級甲等中醫院標準將總院建設科特色、現代化的綜合性中西醫結合醫院。