華佗醫院于一九七九年成立建院之初在現在崗尾程路口（現時代廣場側），1987年4月醫院總部門診樓建成，搬遷到現在的院址，舊院部作為第二門診部，第三門診部在昌大昌樓下，作為一個社區服務性質的診所。醫院目前占地面積16000平方米，建筑面積7000平方米，有門診綜合樓、改裝的住院樓各一座。是一所以傳統中醫中藥和中西相結合的，集醫療、康復、保健、科研、教學為一體的二級甲等（綜合性）中醫院。全院現有職工207人，其中肇慶市專家庫專家16人，肇慶市名中醫6人，主任醫師職稱3人，副主任醫師職稱15人，主治醫師21人。肇慶市端州區華佗醫院現設有三個住院病區、三個門診部和臨床科室12個，開設有內、外、婦、兒、骨傷、針灸針挑、整脊理療、急診、五官、口腔等臨床科目。開放病床105張。擁有東芝螺旋CT、彩色B超、奧林巴斯電子胃鏡、C臂X光機、經顱多普勒、呼吸機、500MZX光機、DR（進口直接數字化X光機）、意大利主全自動生化儀、除顫儀等大型醫療設備及其它配套設備。醫院全面實現醫療信息網絡化管理，全院實現了醫療信息網絡化、無紙化管理，就診環境不斷美化改造，部分就醫環境實現賓館化建設。肇慶市端州區華佗醫院按照“專科突出、中西并重、全面發展”的辦院方向，注重走特色專科發展道路，針灸針挑、骨傷科、中醫心腦血管病科、脊柱病志科、康復推拿科有人才技術的優勢，作為重點建設扶持科室。針灸針挑科是廣東省中醫針灸重點專科，骨傷科、中醫心腦血管病科、脊柱病志科、康復理療科是在本市享有盛名的重點專科。醫院臨床科研成果先后有《挑筋療法治療強直脊柱炎臨床研究》等18項獲省局級或市、區級科技進步獎，其中《嶺南挑筋法治療強直性脊柱炎規范研究》已通過國家中醫藥局的驗收。肇慶市端州區華佗醫院還多次被評為肇慶市、端州區“先進集體”，“文明單位”，“花園式單位”。還被省中醫藥局兩度授予“省文明中醫院”稱號。現為廣州中醫藥大學、廣東湛江中醫學校、廣東省新興中等中醫藥學校實習醫院。